卡爾蔡斯耶拿俱樂部是當年卡爾·蔡司（Carl Zeiss）光學儀器廠的工人在公司的支持下所建立的球隊。耶拿是圖林根州第三大城市，也是著名的光學之都。

卡爾蔡斯耶拿曾是東德勁旅，兩德統一後加入德乙聯賽，但隨後降級。近些年，球隊一直在德國第三和第四級別聯賽徘徊。